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São conhecidos 10 subtipos - de A a J - geneticamente distintos do HIV-1, dentro do grupo principal (grupo M). Os subtipos não estão distribuídos igualmente pelo mundo. Por exemplo, o subtipo B é mais comum nas Américas, Japão, Austrália, Caribe e Europa. O subtipo A predomina na África Sub-saariana. Os teste de aids comuns podem detectar todos os subtipos do vírus, inclusive as cepas do grupo O, recentemente identificadas.

Dez subtipos foram identificados desde que as técnicas criadas em 1992. É quase certo que novos subtipos sejam descobertos e que os tipos já conhecidos continuem se espalhando.